Henri Theodore Fontane wurde am 30. Dezember des Jahres 1819 als Sohn des Apothekers Louis Henri Fontane, der von hugenottischer Herkunft war, in Neuruppin geboren. Zur Begleichung von Spielschulden musste 1826 der Vater seine Apotheke verkaufen, kurz darauf zog die Familie 1827 nach Swinemünde. Nach einem kurzen Intermezzo an der dortigen Stadtschule erhielt Theodor Fontane auf Wunsch seiner Mutter Privatunterricht vom Vater und von den Hauslehrern befreundeter Familien (1826 – 1832). Von 1832 bis 1833 besuchte er das Gymnasium in Neuruppin, anschließend trat er in die Gewerbeschule von Karl Friedrich Klöden in Berlin ein. 1834 zog er zum Halbbruder seines Vaters, Onkel August; 1835 hatte er seine erste Begegnung mit seiner zukünftigen Frau Emilie Rouanet-Kummer. 1836 brach er die Gewerbeschule ab und begann eine Ausbildung zum Apotheker. 1839 veröffentlichte Fontane seine erste Novelle Geschwisterliebe. Nach dem Abschluss seiner Lehre im Jahr 1840 trat Fontane eine Stelle als Apothekergehilfe in Burg (bei Magdeburg) an. Es entstanden die ersten Gedichte.

1841 erkrankte er an Typhus, konnte sich aber bei seinen Eltern in Letschin wieder von der Krankheit erholen. Als er wieder genesen war, arbeitete er als Apothekergehilfe zuerst in Leipzig, danach in Dresden, schließlich in der Apotheke des Vaters in Letschin. 1843 wurde er von Bernhard von Lepel in den literarischen Verein Tunnel über der Spree eingeführt, in dem er von 1844 bis 1865 Mitglied bleiben sollte. Vom 1. April 1844 bis zum 31. März 1845 leistete er beim Garde-Grenadierregiment „Kaiser Franz“ seinen freiwilligen Militärdienst. In dieser Zeit unternahm er auf Einladung seines Schulfreundes Hermann Scherz seine erste Englandreise. Im Laufe des Jahres ging er nach einer weiteren Arbeitszeit in der väterlichen Apotheke nach Berlin an die Polnische Apotheke von Dr. Julius Eduard Schacht. Am 8. Dezember 1845 verlobte er sich mit Emilie Rouanet-Kummer. Im März 1847 erhielt Fontane seine Approbation als „Apotheker erster Klasse“. Im folgenden Jahr kämpfte Fontane als Revolutionär in den so genannten Barrikadenkämpfen. Zu dieser Zeit entstanden vier eher radikale Texte in der Zeitschrift Berliner Zeitungshalle. Dann wurde er im Krankenhaus Bethanien angestellt und bildete dort zwei Diakonissen aus.

Am 30. September 1849 entschloss er sich, den Apothekerberuf völlig aufzugeben und als freier Schriftsteller weiterzuarbeiten. Es entstanden zuerst politische Texte in der radikal-demokratischen „Dresdner Zeitung“. In diesem Jahr wurde auch sein erstes Buch veröffentlicht: Männer und Helden. Acht Preussenlieder. 1850 heiratete er seine Emilie Rouanet-Kummer. Sie zogen zusammen in eine Wohnung in Berlin. Anfangs hatten sie finanzielle Probleme, da Theodor Fontane keine Anstellung fand. Ein Jahr später wurde er von der Centralstelle für Preßangelegenheiten angestellt. Für diese machte er Reisen nach London (1852 und 1855 – 1859).

1860 kam sein fünftes Kind zur Welt. Bis zu diesem Zeitpunkt hatte von den vier Söhnen nur der Erste, George Emile, überlebt. Die drei darauf folgenden Söhne sind jeweils kurz nach der Geburt gestorben. Das fünfte Kind war seine einzige Tochter namens Martha (Mete). 1864 kam schließlich sein letzter Sohn, Friedrich, zur Welt. Im selben Jahr reiste Fontane nach Kopenhagen, wo er über den Krieg schrieb. Ab 1870 arbeitete Fontane als Theaterkritiker. Im selben Jahr nahm er Urlaub, um den Kriegsschauplatz Paris zu besichtigen. Dort wurde er fälschlicherweise als Spion verhaftet, jedoch kurz darauf wieder freigelassen. Zwischen 1874 und 1876 unternahm Fontane mit seiner Frau diverse Reisen nach Österreich, Italien und in die Schweiz.

Am Ende dieser Reisen entschloss er sich, nicht mehr für eine Zeitung zu schreiben, stattdessen wollte er wieder als freier Schriftsteller leben. Seitdem schrieb er zahlreiche Texte, bis er 1892 an einer schweren Gehirnanämie erkrankte. Der Arzt riet ihm, seine Kindheitserinnerungen niederzuschreiben, um sich von der Krankheit abzulenken. Dies gelang auch. Danach schrieb er ständig weiter, bis er am 20. September 1898 in Berlin starb. Als Mitglied wurde er auf dem Friedhof II der Französischen Gemeinde zu Berlin in Berlin-Mitte beerdigt.